L'Aquarium tropical est créé lors de l'Exposition coloniale de 1931 pour montrer au public la faune aquatique des colonies.
À l'époque, rassembler une telle collection de poissons relevait de l'exploit, compte tenu de la lenteur relative des moyens de transport.
Planisphère protégé d'un bastingage.
Intégré au musée des Colonies, l'Aquarium en suit les destinées. Dans le cadre du musée de la France d'Outre-Mer, il bénéficie des apports des gouverneurs qui se font un point d'honneur à ramener des poissons à l'occasion de leur retour en métropole.
La fosse aux crocodiles, une première mondiale au moment de l'inauguration de l'exposition coloniale.
En 1985, la direction des musées de France reconnaît la spécificité de l'Aquarium et sa complémentarité avec le musée.
Une rénovation est alors entreprise.