La base sous-marine de Bordeaux est l'une des cinq bases pour sous-marins construites par les Allemands sur la façade atlantique française au cours de la Seconde Guerre mondiale.
L'organisation Todt commence la construction en septembre 1941 sur le bassin numéro 2 de Bacalan.
La construction va durer 22 mois entre 1941 et 1943.
L'organisation Todt employa plusieurs milliers d'ouvriers, certains volontaires, mais la plupart prisonniers de guerre ou requis dont plus de 3 000 républicains espagnols.
On estime que plus de 70 Espagnols y sont morts. Des Français, des Italiens, des Belges et des Néerlandais ont travaillé à sa conctruction.
Elle accueillit des sous-marins italiens et allemands. Elle abrite aujourd'hui un espace culturel.
Les sept alvéoles centrales pouvaient être mises à sec. Chacune est séparée par un mur épais de 5 à 6 mètres et fermée par des volets blindés pour la protéger des éclats de bombes.
600 000 m3 de béton furent nécessaires pour la construction.
Le bâtiment était constitué d'un bloc de béton armé de 245 mètres de long sur 162 mètres de large et 20 mètres de haut.
L'ensemble était couvert par un premier toit en béton armé de 3,5 mètres d'épaisseur.
Le 17 mai 1943 vit un raid aérien américain d'importance.
De janvier à août 1944, se dérouleront plus de 13 raids anglo-américains sur la base sous-marine et l'aéroport de Mérignac, mais sans grand succès.
Le 28 août 1944, Bordeaux et le port sont évacués par les Allemands.
La base sous-marine qui accueille de nombreuses expositions est tout proche du futur musée de la mer de Norbert Fradin.
Le nouveau musée de la mer est actuellement en construction (au niveau de la 2e grue à l'arrière-plan).